Die Tulpe kann an einer Pythium-Wurzel und Zwiebelfäule leiden. Diese Krankheit macht sich durch das verkümmern der oberirdischen Teile bemerkbar. Nebenbei verfaulen die Wurzeln und die Zwiebel und der Blütenstängelgrund überleben diese Krankheit selten. Die Zwiebelschalen bekommen braune bis dunkelgraue Faulstellen.
Das große Problem bei dieser Krankheit ist, dass die Infektion im Boden passiert und somit haben wir ein Problem der Bekämpfung. Man kann lediglich alle befallenen Zwiebeln entfernen, die Faulstellen rausschneiden und die Zwiebeln dann kühl und trocken Lagern. Sollte ein weiterer Befall eintreten, ist eine Anbaupause von 4 bis 5 Jahren zu empfehlen. Leider hat die Pharmaka Industrie noch kein Mittel zur chemischen Bekämpfung gefunden.
Eine weitere Krankheit ist die Sclerotinia-Krankheit. Sie macht sich bemerkbar, wenn die Pflanzen im Frühjahr nicht austreiben und die Blätter und Triebe vor dem Entfalten der Blätter verfaulen. Am Hals der Zwiebel entsteht ein dichtes, filzartiges Pilzgeflecht. Es entsteht ein 1 cm großer Dauerkörper. Diese Dauerkörper sind auch in der Erde um die mit kranken Zwiebeln herum aufzufinden. Im Inneren ist die Zwiebel trockenfaul und rötlich-grau gefärbt, Bakterien verwandeln diese Masse in eine matschige, faul und gammlig riechende Masse. Bei Zwiebeln die nicht Austreiben ist der Befall erst beim Durchschneiden des Zwiebelhalses erkennbar, da äußerlich keine Symptome auftreten.
Als Gegenmaßnahme sollten die kranken Zwiebeln und ihre Erde in der Umgebung entfernt und zerstört werden (auf keinen Fall im Kompost, da sich der Pilz auf die Erde überträgt und somit mit der Komposterde im Ganzen Garten verteilt wird und weitere Pflanzen wie Krokus, Schneeglöckchen, Hyazinthe, Lilie, Narzisse, Tulpe, Iris, Kaiserkrone, Scilla befällt.) Nach der Beseitigung sollten sie die Ihre Kleidung (besonders Ihre Schuhe) und Ihr Werkzeug, das sie verwendet haben, gründlich reinigen um der Verbreitung des Pilzes Voranzutreiben.
In dem Bereich in dem der Pilzbefall stattfand, sollte eine Anbauphase von 4 bis 5 Jahren eingehalten werden, damit sich die Erde erholen kann und der Pilz, falls er noch irgendwo vorhanden ist keine Nahrung mehr zum Überleben hat und in dieser Zeit ausstirbt. Sie sollten beim weiteren Anbau darauf achten, dass sie keine Zwiebelarten mehr nacheinander verwenden, die einmal von dem Pilz in ihrem Beet befallen waren. Es gibt auch bei dieser Krankheit keine chemischen Mittel zu Bekämpfung der Krankheit.